En el antiguo Japón, Kubo (Art Parkinson) es un inteligente joven que lleva una existencia tranquila junto a su madre en un pequeño pueblo costero en el que nunca pasa nada. Se gana la vida como cuentacuentos, relatando a los aldeanos historias maravillosas empleado figuras de origami. Pero un día su vida se ve trastocada por completo cuando, sin hacer caso a su madre, no regresa a casa antes del anochecer. Tras este incidente, el chico se verá obligado a luchar contra dioses y monstruos tan peligrosos como el resentido Rey Luna (Ralph Fiennes) o las malvadas gemelas (Rooney Mara), aunque por suerte contará con la ayuda de Mona (Charlize Theron), Escarabajo (Matthew McConaughey) y de su shamisen, un bello instrumento mágico. Pero, si quiere salvar a su familia y resolver el misterio que rodea a su progenitor, tendrá que encontrar la armadura mágica que pertenecía a su padre, que fue un legendario guerrero samurái.