La película comienza cuando Tobi invoca a el Kyubi en medio de Konoha causando una gran destrucción. En otro lugar el Cuarto Hokage Minato pone a salvo a Kushina junto a Naruto recién nacido, Minato se prepara para pelear contra el Kuybi. Dieciséis años mas tarde los once de Konoha junto con Kakashi y Guy preparan una emboscada contra los ataksuki (los cuales en realidad son Zetsus blancos) pero Naruto inicia la batalla haciendo que los demás también actúen en la batalla. Los akatsuki se retiran terminando la batalla, ya en Konoha Kakashi le lleva a Tsunade un brazo de Kakuzu con el cual quiso atrapar a Naruto. Mientras que los padres de los shinobis de Konoha los felicitan por triunfar contra los akatsuki, poco antes de anochecer Naruto regresa a su casa en el camino observa a los niños con sus familias.