La película en forma cronológica, se encuentra entre el episodio 32 y 33 de Shippuden y en capítulos 24, 25, 26, 27 y 28 aparecen escenas de la película en el Ending. En la escena inicial vemos a Naruto luchando contra un monstruo, que termina atravesándolo en la espalda y matándolo. Luego se puede ver a los ninjas de Konoha en su funeral. El tiempo retrocede a varios días atrás, donde un hombre llamado Yomi (cuyo nombre en japonés significa «inframundo») ataca un santuario para liberar el espíritu de Mouryou, un demonio que tiempo atrás intentó conquistar al mundo y establecer su «Reinado de los Mil Años». Como no tiene un cuerpo para sobrevivir en el exterior, Yomi le ofrece el suyo como sustituto temporal hasta que puedan encontrar el cuerpo original de Mouryou.